❶ blast 库直接拷贝可以用吗
Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。Blast是一个继承的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了物种可能的序列比对方式：blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译成6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库作比对。blastn：核酸序列对核算库的比对。tblastn：蛋白序列对核算库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，然后进行比对。tblastx：核酸序列对核算库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛，可以毫不夸张的说，blast是做比对基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。使用：blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。1、运行建库程序formatdb:建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FAST序列是db.seq,formatdb的基本命令是：formatdb–idb.seq[-options]常用参数：-p(T/F):-p参数的意义是选择建库的类型，“T”表示蛋白库，“F”表示核算库，缺省值为“T”-o(T/F):-o参数的意义是判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F”表示不建立序列索引。缺省值为“F”。程序输出：如果建立的是核算库，输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三个文件，如果选择了“-oT”，还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件，一共七个。蛋白库和核算库的输出类似，相应的输出文件为：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七个文件。除了这个结果，程序还会输出LOG文件（默认为formatdb.log），里面记录了运行时间、版本号、序列数量等信息。几点需要注意的问题：1）、建库以后，做blast比对的输入文件就是建库所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是说，建库以后，原始序列文件是可以删除的。2）、如果命令行中选择了“-oT”，并且目标序列中好友gi号重复的序列名时，程序会停止建库并报错。就是说库文件中不能出现重复的序列（标志是序列号，跟具体的序列没有关系）。3）、如果输入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序会自动退出，并报错。[formatdb]ERROR:Couldnotopendb.4）、核酸序列可以用于建核算库和蛋白库，但是蛋白序列不能用于建核算库，这个是显然的，密码子的问题哦！其他参数介绍：-l:“-l文件名”用来改变LOG文件的命名-n:“-n文件名”可以自定义生成的库文件命名-a:输入文件为ASN.1格式2、运行比对程序blastall:Blast的主程序是blastall。程序的输入文件是query序列（-i参数）而和库文件（-d参数），比对类型的选择（-p参数）和输出文件（-o参数）由用户指定。其中“-p”参数有5中取值：-pblastp：蛋白序列与蛋白库做比对。-pblastx：核酸序列对蛋白库的比对。-pblastn：核酸序列对核酸库的比对。-ptblastn：蛋白序列对核酸库的比对。-ptblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对。这些元素就构成了blast的基本运行命令（以blastn为例）：blastall-iquery.fa-ddatabase-oblast.out-pblastn其中如果"-o"参数缺省，则结果输出方式为屏幕输出。参数：仅仅运行blast的基本运行命令，得到的结果往往不能清晰准确的表示出有用的信息。最大的问题就是有太多的冗余，很多很短的比对都会出现在输出结果中，导致结果杂乱无章。为了处理杂乱无章的比对结果，满足各种比对需求，blast设置了很多参数来限制比对的范围和输出的形式。一下多数结果以blastn距离，如不做特殊说明，这些参数适合于所有比对方式。-e参数-e（value）参数是用来过滤比对较差的结果的，用“-e”参数指定一个实数，blast会过滤掉期望值大于这个数的比对结果（就是说这个值越小比对结果就越好）。blastall-iquery.fa-ddatabase-oblast.out-pblastn-e1e-10通常情况下，对于不同物种之间的比对，期望值设在1e-5左右即可；而对于同源性较高的物种或者同种的比对，可以适度将期望值调的更小来过滤垃圾结果。比对同一物种cDNA和染色体的比对，参数可用1e-10或更高。-F参数-F（T/F）参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”，程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列；选“F”则不会屏蔽。缺省值为“T”。比较两个结果，我们看出使用缺省参数的比对结果损失了一部分信息，得到的统计结果也出现失真，期望值和identity都没有反映出真实情况。有时较长的重复序列甚至会导致比对终止。加了"-FF"就保证了比对结果的完整性。通常在大规模、低精度的比对中，往往用缺省参数，这样能避免程序把过多的时间浪费在无意义的简单重复上，提高运行速度；而在小规模、高精度的比对中，需要加上参数"-FF"，保证比对的精确度和完整性。-m参数：“-e”参数能够做到筛选适当的比对结果，但是即使如此，blast的输出结果仍然非常庞大并且难以处理。为了精简输出、节省存储空间、实现功能并使结果易于处理，blast提供了参数“-m(integer)”来设定输出格式，可供选择的值为0～11之间的整数，缺省为0。下面就通过实例逐个解析“-m”参数能够实现的输出功能。-m8:列表格式的比对结果。从做导游割裂的意义一次是：query名/subject名/identify/比对长度/错配数/空位数/query比对起始坐标/query比对终止坐标/subject比对起始坐标/subject比对终止坐标/期望值/比对得分在m8格式中通过subject的比对起止位置可以判断出序列的比对方向。判断方法就是：query和subject的起始和终止坐标是否一致增减。
❷ blast 抗性筛选 什么意思
Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
Blast是一个继承的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了物种可能的序列比对方式：
blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。
blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译成6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库作比对。
blastn：核酸序列对核算库的比对。
tblastn：蛋白序列对核算库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，然后进行比对。
tblastx：核酸序列对核算库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。
Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛，可以毫不夸张的说，blast是做比对基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。
使用：
blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。
1、运行建库程序formatdb:
建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是：
formatdb –i db.seq [-options]
常用参数：
-p (T/F): -p参数的意义是选择建库的类型，“T”表示蛋白库，“F”表示核算库，缺省值为“T”
-o(T/F): -o参数的意义是判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F”表示不建立序列索引。缺省值为“F”。
程序输出：
如果建立的是核算库，输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三个文件，如果选择了“-o T”，还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件，一共七个。
蛋白库和核算库的输出类似，相应的输出文件为：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七个文件。
除了这个结果，程序还会输出LOG文件（默认为formatdb.log），里面记录了运行时间、版本号、序列数量等信息。
几点需要注意的问题：
1）、建库以后，做blast比对的输入文件就是建库所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是说，建库以后，原始序列文件是可以删除的。
2）、如果命令行中选择了“-o T”，并且目标序列中好友gi号重复的序列名时，程序会停止建库并报错。
就是说库文件中不能出现重复的序列（标志是，跟具体的序列没有关系）。
3）、如果输入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序会自动退出，并报错。
[formatdb] ERROR: Could not open db.
4）、核酸序列可以用于建核算库和蛋白库，但是蛋白序列不能用于建核算库，这个是显然的，密码子的问题哦！
其他参数介绍：
-l : “-l 文件名”用来改变LOG文件的命名
-n : “-n 文件名”可以自定义生成的库文件命名
-a : 输入文件为ASN.1格式
2、运行比对程序blastall:
Blast的主程序是blastall。程序的输入文件是query序列（- i参数）而和库文件（-d 参数），比对类型的选择（- p参数）和输出文件（- o 参数）由用户指定。其中“-p”参数有5中取值：
-p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。
-p blastx：核酸序列对蛋白库的比对。
-p blastn：核酸序列对核酸库的比对。
-p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对。
-p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对。
这些元素就构成了 blast 的基本运行命令（以 blastn 为例）：
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn
其中如果"-o"参数缺省，则结果输出方式为屏幕输出。
参数：
仅仅运行blast的基本运行命令，得到的结果往往不能清晰准确的表示出有用的信息。最大的问题就是有太多的冗余，很多很短的比对都会出现在输出结果中，导致结果杂乱无章。为了处理杂乱无章的比对结果，满足各种比对需求，blast设置了很多参数来限制比对的范围和输出的形式。一下多数结果以blastn距离，如不做特殊说明，这些参数适合于所有比对方式。
-e 参数
-e（value）参数是用来过滤比对较差的结果的，用“-e”参数指定一个实数，blast会过滤掉期望值大于这个数的比对结果（就是说这个值越小比对结果就越好）。
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn -e 1e-10
通常情况下，对于不同物种之间的比对，期望值设在1e-5左右即可；而对于同源性较高的物种或者同种的比对，可以适度将期望值调的更小来过滤垃圾结果。比对同一物种cDNA和染色体的比对，参数可用1e-10或更高。
-F 参数
-F（T/F）参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”，程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列；选“F”则不会屏蔽。缺省值为“T”。
比较两个结果，我们看出使用缺省参数的比对结果损失了一部分信息，得到的统计结果也
出现失真，期望值和 identity 都没有反映出真实情况。有时较长的重复序列甚至会导致比对终止。加了"-F F"就保证了比对结果的完整性。通常在大规模、低精度的比对中，往往用缺省参数，这样能避免程序把过多的时间浪费在无意义的简单重复上，提高运行速度；而在小规模、高精度的比对中，需要加上参数"-F F"，保证比对的精确度和完整性。
-m 参数：
“-e”参数能够做到筛选适当的比对结果，但是即使如此，blast的输出结果仍然非常庞大并且难以处理。为了精简输出、节省存储空间、实现更多功能并使结果易于处理，blast 提供了参数“-m (integer)”来设定输出格式，可供选择的值为 0～11 之间的整数，缺省为 0。下面就通过实例逐个解析“-m”参数能够实现的输出功能。
-m 8 : 列表格式的比对结果。从做导游割裂的意义一次是：query名/subject名/identify/比对长度/错配数/空位数/query比对起始坐标/query比对终止坐标/subject比对起始坐标/subject比对终止坐标/期望值/比对得分
在 m8 格式中通过 subject 的比对起止位置可以判断出序列的比对方向。判断方法就是：query和subject的起始和终止坐标是否一致增减。
❸ wireshark怎么抓包和解包
开始界面
wireshark是捕获机器上的某一块网卡的网络包，当你的机器上有多块网卡的时候，你需要选择一个网卡。
点击Caputre->Interfaces.. 出现下面对话框，选择正确的网卡。然后点击"Start"按钮, 开始抓包
Wireshark 窗口介绍
WireShark 主要分为这几个界面
1. Display Filter(显示过滤器)， 用于过滤
2. Packet List Pane(封包列表)， 显示捕获到的封包， 有源地址和目标地址，端口号。 颜色不同，代表
3. Packet Details Pane(封包详细信息), 显示封包中的字段
4. Dissector Pane(16进制数据)
5. Miscellanous(地址栏，杂项)
使用过滤是非常重要的， 初学者使用wireshark时，将会得到大量的冗余信息，在几千甚至几万条记录中，以至于很难找到自己需要的部分。搞得晕头转向。
过滤器会帮助我们在大量的数据中迅速找到我们需要的信息。
过滤器有两种，
一种是显示过滤器，就是主界面上那个，用来在捕获的记录中找到所需要的记录
一种是捕获过滤器，用来过滤捕获的封包，以免捕获太多的记录。 在Capture -> Capture Filters 中设置
保存过滤
在Filter栏上，填好Filter的表达式后，点击Save按钮， 取个名字。比如"Filter 102",
Filter栏上就多了个"Filter 102" 的按钮。
过滤表达式的规则
表达式规则
1. 协议过滤
比如TCP，只显示TCP协议。
2. IP 过滤
比如 ip.src ==192.168.1.102 显示源地址为192.168.1.102，
ip.dst==192.168.1.102, 目标地址为192.168.1.102
3. 端口过滤
tcp.port ==80, 端口为80的
tcp.srcport == 80, 只显示TCP协议的愿端口为80的。
4. Http模式过滤
http.request.method=="GET", 只显示HTTP GET方法的。
5. 逻辑运算符为 AND/ OR
常用的过滤表达式
封包列表(Packet List Pane)
封包列表的面板中显示，编号，时间戳，源地址，目标地址，协议，长度，以及封包信息。 你可以看到不同的协议用了不同的颜色显示。
你也可以修改这些显示颜色的规则， View ->Coloring Rules.
封包详细信息 (Packet Details Pane)
这个面板是我们最重要的，用来查看协议中的每一个字段。
各行信息分别为
Frame: 物理层的数据帧概况
Ethernet II: 数据链路层以太网帧头部信息
Internet Protocol Version 4: 互联网层IP包头部信息
Transmission Control Protocol: 传输层T的数据段头部信息，此处是TCP
Hypertext Transfer Protocol: 应用层的信息，此处是HTTP协议
TCP包的具体内容
从下图可以看到wireshark捕获到的TCP包中的每个字段。
看到这， 基本上对wireshak有了初步了解， 现在我们看一个TCP三次握手的实例
三次握手过程为
这图我都看过很多遍了， 这次我们用wireshark实际分析下三次握手的过程。
打开wireshark, 打开浏览器输入 h t t p : / / w w w . c r 1 7 3 .c o m
在wireshark中输入http过滤， 然后选中GET /tankxiao HTTP/1.1的那条记录，右键然后点击"Follow TCP Stream",
这样做的目的是为了得到与浏览器打开网站相关的数据包，将得到如下图
图中可以看到wireshark截获到了三次握手的三个数据包。第四个包才是HTTP的， 这说明HTTP的确是使用TCP建立连接的。
第一次握手数据包
客户端发送一个TCP，标志位为SYN，序列号为0， 代表客户端请求建立连接。 如下图
第二次握手的数据包
服务器发回确认包, 标志位为 SYN,ACK. 将确认序号(Acknowledgement Number)设置为客户的I S N加1以.即0+1=1, 如下图
步骤阅读
第三次握手的数据包
客户端再次发送确认包(ACK) SYN标志位为0,ACK标志位为1.并且把服务器发来ACK的序号字段+1,放在确定字段中发送给对方.并且在数据段放写ISN的+1, 如下图:
就这样通过了TCP三次握手，建立了连接
❹ 过滤除菌法在什么情况下使用
过滤除菌法在食品工业中的应用
酒类生产中的应用
1.纯生啤酒的过滤除菌
纯生啤酒的生产不经过高温杀菌，采用无菌过滤法滤除酵母菌、杂菌,使啤酒避免受到热损伤,保持了原有的新鲜口味,最后一道工序采用严格的无菌灌装,避免了二次污染,保质期一般可达180天。纯生啤酒与一般的生啤酒有区别, 一般的生啤酒虽然也没有经过高温杀菌, 但它采用的是硅藻土过滤机,只能滤掉酵母菌,而杂菌不能被滤掉,因此一般的生啤酒保质期一般在3-7天。无菌过滤法是常用的冷杀菌法，经硅藻土过滤机和精滤机过滤后的啤酒,再进入无菌过滤组合系统过滤,包括复式深层无菌过滤系统和膜式无菌过滤系统。经过无菌过滤后,要求能基本除去酵母和其他所有微生物营养细胞。
2.黄酒的过滤除菌
由于黄酒是一种非蒸馏酒，未经处理的原酒中含有大量的浑浊物、胶体物、细菌及其它微生物。为提高黄酒的品质,延长存放时间,必须对黄酒进行过滤灭菌后方可投入市场销售。采用过滤除菌法替代传统的蒸汽灭菌法,由于在较低温度下即可出去大肠杆菌及其它杂菌、悬浮杂质,对降低原材料消耗和生产成本,提高黄酒的品质有着重要的作用。
3.白酒、葡萄酒等其它果酒的过滤除菌
用无机膜对白酒、葡萄酒等其它果酒进行过滤除菌,经过滤后不仅可以有效去除微生物,而且可以明显提高产品的澄清度,保持产品的色、香、味,提高产品的保存期。
调味品生产中的应用
1. 酱油的过滤除菌
由于酱油的生产过程多数暴露在自然空间,在原料发酵分解过程中,伴随着多种微生物的生长繁殖,如细菌类、放线菌类、酵母菌类等微生物。这些菌类的存在,不但影响着酶的正常分解作用, 而且产生一些异样气味及现象,致使酱油发生变味、甚至变质。在酱油生产出来后,及时地将这些杂菌杀死或除去,以保证酱油质量不变,显得至关重要。通过酱油的生产实践可知,在过滤除菌法中使用不大于0.5μm的过滤膜便可把酱油中的杂菌完全除去。
2. 醋的过滤除菌
液态由稀醇生产醋的发酵过程中，由于黑色杆菌的存在导致液体产品的浑浊,通常采用无机膜及氧化锆连续的错流过滤可以去除浓缩物中的黑色杆菌,使液体产品得到澄清,并可以除去细菌。
牛奶的过滤除菌
陶瓷膜在脱脂牛奶的除菌和牛奶的浓缩方面有很好的应用前景。[2]
果汁饮料的过滤除菌
20世纪80年代初,无机膜过滤除菌技术就在法国果汁行业得到广泛应用,主要是除去很容易引起果汁变质的细菌、果胶及粗蛋白质,而且过滤果汁品质优良,比巴氏杀菌生产的果汁更具有芳香味。
水处理领域中的应用
超滤技术在水处理领域主要应用在饮用水深度处理、地表水处理、海水淡化、中水回用等方面。饮用水的质量直接影响着人们的健康, 超滤技术能有效去除水中的悬浮物、细菌、病毒、重金属、氟化物、氯化物、消毒副产物和农药残留物等都可能对健康构成威胁的物质,具有占地面积小、处理效率高等特点。[3]
空气的过滤除菌
使用过滤法去除空气中的微生物是一种比较简易的空气消毒方法。虽然经过滤空气尚不易达列完全灭菌,但由过滤处理中一般不使用热力和消毒剂,因此为人们所乐于接受。门前该法已普遍用于建筑物均通风、个人防护和生物制品工业中。
❺ 如何使用wireshark抓包分析udp
开始界面
wireshark是捕获机器上的某一块网卡的网络包，当你的机器上有多块网卡的时候，你需要选择一个网卡。
点击Caputre->Interfaces.. 出现下面对话框，选择正确的网卡。然后点击"Start"按钮, 开始抓包
Wireshark 窗口介绍
WireShark 主要分为这几个界面
1. Display Filter(显示过滤器)， 用于过滤
2. Packet List Pane(封包列表)， 显示捕获到的封包， 有源地址和目标地址，端口号。 颜色不同，代表
3. Packet Details Pane(封包详细信息), 显示封包中的字段
4. Dissector Pane(16进制数据)
5. Miscellanous(地址栏，杂项)
Wireshark 显示过滤
使用过滤是非常重要的， 初学者使用wireshark时，将会得到大量的冗余信息，在几千甚至几万条记录中，以至于很难找到自己需要的部分。搞得晕头转向。
过滤器会帮助我们在大量的数据中迅速找到我们需要的信息。
过滤器有两种，
一种是显示过滤器，就是主界面上那个，用来在捕获的记录中找到所需要的记录
一种是捕获过滤器，用来过滤捕获的封包，以免捕获太多的记录。 在Capture -> Capture Filters 中设置
保存过滤
在Filter栏上，填好Filter的表达式后，点击Save按钮， 取个名字。比如"Filter 102",
Filter栏上就多了个"Filter 102" 的按钮。
过滤表达式的规则
表达式规则
1. 协议过滤
比如TCP，只显示TCP协议。
2. IP 过滤
比如 ip.src ==192.168.1.102 显示源地址为192.168.1.102，
ip.dst==192.168.1.102, 目标地址为192.168.1.102
3. 端口过滤
tcp.port ==80, 端口为80的
tcp.srcport == 80, 只显示TCP协议的愿端口为80的。
4. Http模式过滤
http.request.method=="GET", 只显示HTTP GET方法的。
5. 逻辑运算符为 AND/ OR
常用的过滤表达式
过滤表达式 用途
http 只查看HTTP协议的记录
ip.src ==192.168.1.102 or ip.dst==192.168.1.102 源地址或者目标地址是192.168.1.102
封包列表(Packet List Pane)
封包列表的面板中显示，编号，时间戳，源地址，目标地址，协议，长度，以及封包信息。 你可以看到不同的协议用了不同的颜色显示。
你也可以修改这些显示颜色的规则， View ->Coloring Rules.
封包详细信息 (Packet Details Pane)
这个面板是我们最重要的，用来查看协议中的每一个字段。
各行信息分别为
Frame: 物理层的数据帧概况
Ethernet II: 数据链路层以太网帧头部信息
Internet Protocol Version 4: 互联网层IP包头部信息
Transmission Control Protocol: 传输层T的数据段头部信息，此处是TCP
Hypertext Transfer Protocol: 应用层的信息，此处是HTTP协议
wireshark与对应的OSI七层模型
TCP包的具体内容
从下图可以看到wireshark捕获到的TCP包中的每个字段。
实例分析TCP三次握手过程
看到这， 基本上对wireshak有了初步了解， 现在我们看一个TCP三次握手的实例
三次握手过程为
这图我都看过很多遍了， 这次我们用wireshark实际分析下三次握手的过程。
打开wireshark, 打开浏览器输入 http://www.cnblogs.com/tankxiao
在wireshark中输入http过滤， 然后选中GET /tankxiao HTTP/1.1的那条记录，右键然后点击"Follow TCP Stream",
这样做的目的是为了得到与浏览器打开网站相关的数据包，将得到如下图
图中可以看到wireshark截获到了三次握手的三个数据包。第四个包才是HTTP的， 这说明HTTP的确是使用TCP建立连接的。
第一次握手数据包
客户端发送一个TCP，标志位为SYN，序列号为0， 代表客户端请求建立连接。 如下图
第二次握手的数据包
服务器发回确认包, 标志位为 SYN,ACK. 将确认序号(Acknowledgement Number)设置为客户的I S N加1以.即0+1=1, 如下图
第三次握手的数据包
客户端再次发送确认包(ACK) SYN标志位为0,ACK标志位为1.并且把服务器发来ACK的序号字段+1,放在确定字段中发送给对方.并且在数据段放写ISN的+1, 如下图:
就这样通过了TCP三次握手，建立了连接
❻ blast+命令求助
Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
Blast是一个继承的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了物种可能的序列比对方式：
blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。
blastx：核酸序列对蛋白库的比对，先将核酸序列翻译成蛋白序列（根据相位可以翻译成6种可能的蛋白序列），然后再与蛋白库作比对。
blastn：核酸序列对核算库的比对。
tblastn：蛋白序列对核算库的比对，将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，然后进行比对。
tblastx：核酸序列对核算库在蛋白级别的比对，将库和待查序列都翻译成蛋白序列，然后对蛋白序列进行比对。
Blast提供了核酸和蛋白序列之间所有可能的比对方式，同时具有较快的比对速度和较高的比对精度，因此在常规双序列比对分析中应用最为广泛，可以毫不夸张的说，blast是做比对基因组学乃至整个生物信息学研究所必须掌握的一种比对工具。
使用：
blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。
1、运行建库程序formatdb:
建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我们使用的FASTA格式的序列作为输入。用于建库的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是：
formatdb –i db.seq [-options]
常用参数：
-p (T/F): -p参数的意义是选择建库的类型，“T”表示蛋白库，“F”表示核算库，缺省值为“T”
-o(T/F): -o参数的意义是判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F”表示不建立序列索引。缺省值为“F”。
程序输出：
如果建立的是核算库，输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三个文件，如果选择了“-o T”，还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件，一共七个。
蛋白库和核算库的输出类似，相应的输出文件为：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七个文件。
除了这个结果，程序还会输出LOG文件（默认为formatdb.log），里面记录了运行时间、版本号、序列数量等信息。
几点需要注意的问题：
1）、建库以后，做blast比对的输入文件就是建库所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是说，建库以后，原始序列文件是可以删除的。
2）、如果命令行中选择了“-o T”，并且目标序列中好友gi号重复的序列名时，程序会停止建库并报错。
就是说库文件中不能出现重复的序列（标志是序列号，跟具体的序列没有关系）。
3）、如果输入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序会自动退出，并报错。
[formatdb] ERROR: Could not open db.
4）、核酸序列可以用于建核算库和蛋白库，但是蛋白序列不能用于建核算库，这个是显然的，密码子的问题哦！
其他参数介绍：
-l : “-l 文件名”用来改变LOG文件的命名
-n : “-n 文件名”可以自定义生成的库文件命名
-a : 输入文件为ASN.1格式
2、运行比对程序blastall:
Blast的主程序是blastall。程序的输入文件是query序列（- i参数）而和库文件（-d 参数），比对类型的选择（- p参数）和输出文件（- o 参数）由用户指定。其中“-p”参数有5中取值：
-p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。
-p blastx：核酸序列对蛋白库的比对。
-p blastn：核酸序列对核酸库的比对。
-p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对。
-p tblastx：核酸序列对核酸库在蛋白级别的比对。
这些元素就构成了 blast 的基本运行命令（以 blastn 为例）：
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn
其中如果"-o"参数缺省，则结果输出方式为屏幕输出。
参数：
仅仅运行blast的基本运行命令，得到的结果往往不能清晰准确的表示出有用的信息。最大的问题就是有太多的冗余，很多很短的比对都会出现在输出结果中，导致结果杂乱无章。为了处理杂乱无章的比对结果，满足各种比对需求，blast设置了很多参数来限制比对的范围和输出的形式。一下多数结果以blastn距离，如不做特殊说明，这些参数适合于所有比对方式。
-e 参数
-e（value）参数是用来过滤比对较差的结果的，用“-e”参数指定一个实数，blast会过滤掉期望值大于这个数的比对结果（就是说这个值越小比对结果就越好）。
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn -e 1e-10
通常情况下，对于不同物种之间的比对，期望值设在1e-5左右即可；而对于同源性较高的物种或者同种的比对，可以适度将期望值调的更小来过滤垃圾结果。比对同一物种cDNA和染色体的比对，参数可用1e-10或更高。
-F 参数
-F（T/F）参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”，程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列；选“F”则不会屏蔽。缺省值为“T”。
比较两个结果，我们看出使用缺省参数的比对结果损失了一部分信息，得到的统计结果也
出现失真，期望值和 identity 都没有反映出真实情况。有时较长的重复序列甚至会导致比对终止。加了"-F F"就保证了比对结果的完整性。通常在大规模、低精度的比对中，往往用缺省参数，这样能避免程序把过多的时间浪费在无意义的简单重复上，提高运行速度；而在小规模、高精度的比对中，需要加上参数"-F F"，保证比对的精确度和完整性。
-m 参数：
“-e”参数能够做到筛选适当的比对结果，但是即使如此，blast的输出结果仍然非常庞大并且难以处理。为了精简输出、节省存储空间、实现更多功能并使结果易于处理，blast 提供了参数“-m (integer)”来设定输出格式，可供选择的值为 0～11 之间的整数，缺省为 0。下面就通过实例逐个解析“-m”参数能够实现的输出功能。
-m 8 : 列表格式的比对结果。从做导游割裂的意义一次是：query名/subject名/identify/比对长度/错配数/空位数/query比对起始坐标/query比对终止坐标/subject比对起始坐标/subject比对终止坐标/期望值/比对得分
在 m8 格式中通过 subject 的比对起止位置可以判断出序列的比对方向。判断方法就是：query和subject的起始和终止坐标是否一致增减。
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