超滤净水器采用超滤膜技术，可以过滤大体积细菌、固体悬浮物、大分子有机物等，但对于矿物质、溶解性气味、色素、有机物、无机物等的过滤效果较差。超滤净水器通常只有一级过滤，主要依赖超滤膜和活性炭，适用于日常饮用水的初级净化。
反渗透净水器则使用反渗透膜，孔径仅为0.0001微米，几乎能过滤掉所有杂质，包括重金属、有机物、细菌、病毒等，产出的水质量极高，可以直接饮用。反渗透净水器的过滤精度远高于超滤净水器，但其成本也相对较高。
超滤净水器和反渗透净水器各有优势。超滤净水器操作简便，安装成本较低，且能有效去除水中的悬浮物、胶体、微生物等有害物质。反渗透净水器则能有效去除水中的重金属、有机物、细菌、病毒等有害物质，出水更纯净，但价格较高，且废水率较高。
选择净水器需考虑家庭实际情况。对于水质较差的家庭，反渗透净水器是更好的选择。而对于水质较好的地区，超滤净水器就足够了。适合的才是最好的，消费者应根据实际需求来选择适合自己的净水器。