轉錄組數據過濾

『壹』 如何進行轉錄組數據分析

首先您做的事晶元呢？還是轉錄組測序呢？ 晶元我不是太了解，可能是封閉系統，目前看對於發現新轉錄本不是很有利。 若是做轉錄組測序，首先去除 序列，然後片段重疊。然後將將每一個read 到基因組，取得GO值，功能注釋，轉錄水平評估，功能富集及pathway分析，若對新發現的轉錄本感興趣還可以做轉錄本的功能預測及細胞 。希望有高手來評價---說的不對的盡管指出。

『貳』 怎麼從轉錄組數據中篩調控萜類的轉錄因子

根據你的測序需要，如果是僅僅檢測表達，可以使用單端的短序列測序，一般10M以上reads都滿足要求，如果是還要檢測SNP或可變剪切以及新基因之類的話需要使用更長片段的雙端測序，一般2x100以上或者2x125，數據量大概在2-3G以上，當然越多越好。轉錄組學的研究對象包括mRNA和非編碼RNA等。新一代高通量測序技術可以全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列信息和表達信息，從而准確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學的重要問題。基因表達譜測序是直接對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mRNA進行高通量測序，可以用來研究基因的表達差異情況。該技術結合了轉錄組測序建庫的實驗方法，與轉錄組測序相比，基因表達譜測序要求的讀長更短，測序通量更小，但僅可用於基因表達差異的研究。轉錄組測序是RNA水平測序，相當於DNA水平的基因組測序，是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。轉錄組測序和表達譜測序其實都是通過高通量測序技術進行的，轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側重於獲得你材料的全部轉錄組信息；而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。

『叄』 如何從轉錄組數據中篩選核基因片段

轉錄組測序是指利用第二代高通量測序技術對mRNA進行測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本

『肆』 轉錄組學的簡介

以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步，也是基因表達調控的關鍵環節。所謂基因表達，是指基因攜帶的遺傳信息轉變為可辨別的表型的整個過程。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。通過測序技術揭示造成差異的情況，已是目前最常用的手段。人類基因組包含有30億個鹼基對，其中大約只有5萬個基因轉錄成mRNA分子，轉錄後的mRNA能被翻譯生成蛋白質的也只佔整個轉錄組的40%左右。通常，同一種組織表達幾乎相同的一套基因以區別於其他組織，如：腦組織或心肌組織等分別只表達全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。
轉錄組譜可以提供什麼條件下什麼基因表達的信息，並據此推斷相應未知基因的功能，揭示特定調節基因的作用機制。通過這種基於基因表達譜的分子標簽，不僅可以辨別細胞的表型歸屬，還可以用於疾病的診斷。例如：阿爾茨海默病(Alzheimer′s diseases, AD)中，出現神經原纖維纏結的大腦神經細胞基因表達譜就有別於正常神經元，當病理形態學尚未出現纖維纏結時，這種表達譜的差異即可以作為分子標志直接對該病進行診斷。同樣對那些臨床表現不明顯或者缺乏診斷金標準的疾病也具有診斷意義，如自閉症。對自閉症的診斷要靠長達十多個小時的臨床評估才能做出判斷。基礎研究證實自閉症不是由單一基因引起，而很可能是由一組不穩定的基因造成的一種多基因病變，通過比對正常人群和患者的轉錄組差異，篩選出與疾病相關的具有診斷意義的特異性表達差異，一旦這種特異的差異表達譜被建立，就可以用於自閉症的診斷，以便能更早地，甚至可以在出現自閉症臨床表現之前就對疾病進行診斷，並及早開始干預治療。轉錄組的研究應用於臨床的的另一個例子是可以將表面上看似相同的病症分為多個亞型，尤其是對原發性惡性腫瘤，通過轉錄組差異表達譜的建立，可以詳細描繪出患者的生存期以及對葯物的反應等等。
用於轉錄組數據獲得和分析的方法主要有基於雜交技術的晶元技術包括cDNA晶元和寡聚核苷酸晶元，基於序列分析的基因表達系列分析SAGE （serial analysis of gene expression，SAGE）和大規模平行信號測序系統MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)。

『伍』 請教轉錄組數據差異基因過多如何過濾已優化結果

請教轉錄組數據差異基因過多如何過濾已優化結果
edgeR是一個研究重復計數數據差異表達的Bioconctor軟體包。一個過度離散的泊松模型被用於說明生物學可變性和技術可變性。經驗貝葉斯方法被用於減輕跨轉錄本的過度離散程度，改進了推斷的可靠性。該方法甚至能夠用最小重復水平使用，只要至少一個表型或實驗條件是重復的。該軟體可能具有測序數據之外的其他應用，例如蛋白質組多肽計數數據。可用性：程序包在遵循LGPL許可證下可以從Bioconctor網站。

『陸』 全長轉錄組為什麼篩選片段建庫

因為通過分析流程進行三代數據校正或者加入二代數據輔助校正，提高准確性。
2017年2月PacBio試劑升級，加深零模波導孔深度，片段偏好性逐漸降低，提高大片段測序檢出率，構建不篩選片段+大於4Kb片段的混合文庫可以改善長轉錄本較多的物種，增加測序到長轉錄本的概率，數據量產出高且穩定。
全長轉錄組是基於PacBio三代測序平台，無需打斷拼接，直接獲得包含5』，3』UTR，poly A tail的完整轉錄本，從而准確分析有參考基因組物種可變剪切及融合基因等結構信息，克服無參考基因組物種轉錄本拼接較短、信息不完整的難題。