❶ blast 庫直接拷貝可以用嗎
Blast的運行方式是先用目標序列建資料庫（這種資料庫稱為database，裡面的每一條序列稱為subject），然後用待查序列（query）在database中搜索，每一條query與database中的每一條subject都要進行雙序列比對，從而得出全部比對結果。Blast是一個繼承的程序包，通過調用不同的比對模塊，blast實現了物種可能的序列比對方式：blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。blastx：核酸序列對蛋白庫的比對，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據相位可以翻譯成6種可能的蛋白序列），然後再與蛋白庫作比對。blastn：核酸序列對核算庫的比對。tblastn：蛋白序列對核算庫的比對，將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，然後進行比對。tblastx：核酸序列對核算庫在蛋白級別的比對，將庫和待查序列都翻譯成蛋白序列，然後對蛋白序列進行比對。Blast提供了核酸和蛋白序列之間所有可能的比對方式，同時具有較快的比對速度和較高的比對精度，因此在常規雙序列比對分析中應用最為廣泛，可以毫不誇張的說，blast是做比對基因組學乃至整個生物信息學研究所必須掌握的一種比對工具。使用：blast的運行分為兩個步驟：第一，建立目標序列的資料庫；第二，做blast比對。1、運行建庫程序formatdb:建庫的工程是建立目標序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允許的輸入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我們使用的FASTA格式的序列作為輸入。用於建庫的FAST序列是db.seq,formatdb的基本命令是：formatdb–idb.seq[-options]常用參數：-p(T/F):-p參數的意義是選擇建庫的類型，「T」表示蛋白庫，「F」表示核算庫，預設值為「T」-o(T/F):-o參數的意義是判斷是否分析序列名並建立序列名索引。「T」表示建立序列名索引，「F」表示不建立序列索引。預設值為「F」。程序輸出：如果建立的是核算庫，輸出為db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三個文件，如果選擇了「-oT」，還會同時輸出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四個文件，一共七個。蛋白庫和核算庫的輸出類似，相應的輸出文件為：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七個文件。除了這個結果，程序還會輸出LOG文件（默認為formatdb.log），裡面記錄了運行時間、版本號、序列數量等信息。幾點需要注意的問題：1）、建庫以後，做blast比對的輸入文件就是建庫所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是說，建庫以後，原始序列文件是可以刪除的。2）、如果命令行中選擇了「-oT」，並且目標序列中好友gi號重復的序列名時，程序會停止建庫並報錯。就是說庫文件中不能出現重復的序列（標志是序列號，跟具體的序列沒有關系）。3）、如果輸入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序會自動退出，並報錯。[formatdb]ERROR:Couldnotopendb.4）、核酸序列可以用於建核算庫和蛋白庫，但是蛋白序列不能用於建核算庫，這個是顯然的，密碼子的問題哦！其他參數介紹：-l:「-l文件名」用來改變LOG文件的命名-n:「-n文件名」可以自定義生成的庫文件命名-a:輸入文件為ASN.1格式2、運行比對程序blastall:Blast的主程序是blastall。程序的輸入文件是query序列（-i參數）而和庫文件（-d參數），比對類型的選擇（-p參數）和輸出文件（-o參數）由用戶指定。其中「-p」參數有5中取值：-pblastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。-pblastx：核酸序列對蛋白庫的比對。-pblastn：核酸序列對核酸庫的比對。-ptblastn：蛋白序列對核酸庫的比對。-ptblastx：核酸序列對核酸庫在蛋白級別的比對。這些元素就構成了blast的基本運行命令（以blastn為例）：blastall-iquery.fa-ddatabase-oblast.out-pblastn其中如果"-o"參數預設，則結果輸出方式為屏幕輸出。參數：僅僅運行blast的基本運行命令，得到的結果往往不能清晰准確的表示出有用的信息。最大的問題就是有太多的冗餘，很多很短的比對都會出現在輸出結果中，導致結果雜亂無章。為了處理雜亂無章的比對結果，滿足各種比對需求，blast設置了很多參數來限制比對的范圍和輸出的形式。一下多數結果以blastn距離，如不做特殊說明，這些參數適合於所有比對方式。-e參數-e（value）參數是用來過濾比對較差的結果的，用「-e」參數指定一個實數，blast會過濾掉期望值大於這個數的比對結果（就是說這個值越小比對結果就越好）。blastall-iquery.fa-ddatabase-oblast.out-pblastn-e1e-10通常情況下，對於不同物種之間的比對，期望值設在1e-5左右即可；而對於同源性較高的物種或者同種的比對，可以適度將期望值調的更小來過濾垃圾結果。比對同一物種cDNA和染色體的比對，參數可用1e-10或更高。-F參數-F（T/F）參數是用來屏蔽簡單重復和低復雜度序列的。如果選「T」，程序在比對過程中會屏蔽掉query中的簡單重復和低復雜度序列；選「F」則不會屏蔽。預設值為「T」。比較兩個結果，我們看出使用預設參數的比對結果損失了一部分信息，得到的統計結果也出現失真，期望值和identity都沒有反映出真實情況。有時較長的重復序列甚至會導致比對終止。加了"-FF"就保證了比對結果的完整性。通常在大規模、低精度的比對中，往往用預設參數，這樣能避免程序把過多的時間浪費在無意義的簡單重復上，提高運行速度；而在小規模、高精度的比對中，需要加上參數"-FF"，保證比對的精確度和完整性。-m參數：「-e」參數能夠做到篩選適當的比對結果，但是即使如此，blast的輸出結果仍然非常龐大並且難以處理。為了精簡輸出、節省存儲空間、實現功能並使結果易於處理，blast提供了參數「-m(integer)」來設定輸出格式，可供選擇的值為0～11之間的整數，預設為0。下面就通過實例逐個解析「-m」參數能夠實現的輸出功能。-m8:列表格式的比對結果。從做導游割裂的意義一次是：query名/subject名/identify/比對長度/錯配數/空位數/query比對起始坐標/query比對終止坐標/subject比對起始坐標/subject比對終止坐標/期望值/比對得分在m8格式中通過subject的比對起止位置可以判斷出序列的比對方向。判斷方法就是：query和subject的起始和終止坐標是否一致增減。
❷ blast 抗性篩選 什麼意思
Blast的運行方式是先用目標序列建資料庫（這種資料庫稱為database，裡面的每一條序列稱為subject），然後用待查序列（query）在database中搜索，每一條query與database中的每一條subject都要進行雙序列比對，從而得出全部比對結果。
Blast是一個繼承的程序包，通過調用不同的比對模塊，blast實現了物種可能的序列比對方式：
blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。
blastx：核酸序列對蛋白庫的比對，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據相位可以翻譯成6種可能的蛋白序列），然後再與蛋白庫作比對。
blastn：核酸序列對核算庫的比對。
tblastn：蛋白序列對核算庫的比對，將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，然後進行比對。
tblastx：核酸序列對核算庫在蛋白級別的比對，將庫和待查序列都翻譯成蛋白序列，然後對蛋白序列進行比對。
Blast提供了核酸和蛋白序列之間所有可能的比對方式，同時具有較快的比對速度和較高的比對精度，因此在常規雙序列比對分析中應用最為廣泛，可以毫不誇張的說，blast是做比對基因組學乃至整個生物信息學研究所必須掌握的一種比對工具。
使用：
blast的運行分為兩個步驟：第一，建立目標序列的資料庫；第二，做blast比對。
1、運行建庫程序formatdb:
建庫的工程是建立目標序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允許的輸入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我們使用的FASTA格式的序列作為輸入。用於建庫的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是：
formatdb –i db.seq [-options]
常用參數：
-p (T/F): -p參數的意義是選擇建庫的類型，「T」表示蛋白庫，「F」表示核算庫，預設值為「T」
-o(T/F): -o參數的意義是判斷是否分析序列名並建立序列名索引。「T」表示建立序列名索引，「F」表示不建立序列索引。預設值為「F」。
程序輸出：
如果建立的是核算庫，輸出為db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三個文件，如果選擇了「-o T」，還會同時輸出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四個文件，一共七個。
蛋白庫和核算庫的輸出類似，相應的輸出文件為：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七個文件。
除了這個結果，程序還會輸出LOG文件（默認為formatdb.log），裡面記錄了運行時間、版本號、序列數量等信息。
幾點需要注意的問題：
1）、建庫以後，做blast比對的輸入文件就是建庫所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是說，建庫以後，原始序列文件是可以刪除的。
2）、如果命令行中選擇了「-o T」，並且目標序列中好友gi號重復的序列名時，程序會停止建庫並報錯。
就是說庫文件中不能出現重復的序列（標志是，跟具體的序列沒有關系）。
3）、如果輸入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序會自動退出，並報錯。
[formatdb] ERROR: Could not open db.
4）、核酸序列可以用於建核算庫和蛋白庫，但是蛋白序列不能用於建核算庫，這個是顯然的，密碼子的問題哦！
其他參數介紹：
-l : 「-l 文件名」用來改變LOG文件的命名
-n : 「-n 文件名」可以自定義生成的庫文件命名
-a : 輸入文件為ASN.1格式
2、運行比對程序blastall:
Blast的主程序是blastall。程序的輸入文件是query序列（- i參數）而和庫文件（-d 參數），比對類型的選擇（- p參數）和輸出文件（- o 參數）由用戶指定。其中「-p」參數有5中取值：
-p blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。
-p blastx：核酸序列對蛋白庫的比對。
-p blastn：核酸序列對核酸庫的比對。
-p tblastn：蛋白序列對核酸庫的比對。
-p tblastx：核酸序列對核酸庫在蛋白級別的比對。
這些元素就構成了 blast 的基本運行命令（以 blastn 為例）：
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn
其中如果"-o"參數預設，則結果輸出方式為屏幕輸出。
參數：
僅僅運行blast的基本運行命令，得到的結果往往不能清晰准確的表示出有用的信息。最大的問題就是有太多的冗餘，很多很短的比對都會出現在輸出結果中，導致結果雜亂無章。為了處理雜亂無章的比對結果，滿足各種比對需求，blast設置了很多參數來限制比對的范圍和輸出的形式。一下多數結果以blastn距離，如不做特殊說明，這些參數適合於所有比對方式。
-e 參數
-e（value）參數是用來過濾比對較差的結果的，用「-e」參數指定一個實數，blast會過濾掉期望值大於這個數的比對結果（就是說這個值越小比對結果就越好）。
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn -e 1e-10
通常情況下，對於不同物種之間的比對，期望值設在1e-5左右即可；而對於同源性較高的物種或者同種的比對，可以適度將期望值調的更小來過濾垃圾結果。比對同一物種cDNA和染色體的比對，參數可用1e-10或更高。
-F 參數
-F（T/F）參數是用來屏蔽簡單重復和低復雜度序列的。如果選「T」，程序在比對過程中會屏蔽掉query中的簡單重復和低復雜度序列；選「F」則不會屏蔽。預設值為「T」。
比較兩個結果，我們看出使用預設參數的比對結果損失了一部分信息，得到的統計結果也
出現失真，期望值和 identity 都沒有反映出真實情況。有時較長的重復序列甚至會導致比對終止。加了"-F F"就保證了比對結果的完整性。通常在大規模、低精度的比對中，往往用預設參數，這樣能避免程序把過多的時間浪費在無意義的簡單重復上，提高運行速度；而在小規模、高精度的比對中，需要加上參數"-F F"，保證比對的精確度和完整性。
-m 參數：
「-e」參數能夠做到篩選適當的比對結果，但是即使如此，blast的輸出結果仍然非常龐大並且難以處理。為了精簡輸出、節省存儲空間、實現更多功能並使結果易於處理，blast 提供了參數「-m (integer)」來設定輸出格式，可供選擇的值為 0～11 之間的整數，預設為 0。下面就通過實例逐個解析「-m」參數能夠實現的輸出功能。
-m 8 : 列表格式的比對結果。從做導游割裂的意義一次是：query名/subject名/identify/比對長度/錯配數/空位數/query比對起始坐標/query比對終止坐標/subject比對起始坐標/subject比對終止坐標/期望值/比對得分
在 m8 格式中通過 subject 的比對起止位置可以判斷出序列的比對方向。判斷方法就是：query和subject的起始和終止坐標是否一致增減。
❸ wireshark怎麼抓包和解包
開始界面
wireshark是捕獲機器上的某一塊網卡的網路包，當你的機器上有多塊網卡的時候，你需要選擇一個網卡。
點擊Caputre->Interfaces.. 出現下面對話框，選擇正確的網卡。然後點擊"Start"按鈕, 開始抓包
Wireshark 窗口介紹
WireShark 主要分為這幾個界面
1. Display Filter(顯示過濾器)， 用於過濾
2. Packet List Pane(封包列表)， 顯示捕獲到的封包， 有源地址和目標地址，埠號。 顏色不同，代表
3. Packet Details Pane(封包詳細信息), 顯示封包中的欄位
4. Dissector Pane(16進制數據)
5. Miscellanous(地址欄，雜項)
使用過濾是非常重要的， 初學者使用wireshark時，將會得到大量的冗餘信息，在幾千甚至幾萬條記錄中，以至於很難找到自己需要的部分。搞得暈頭轉向。
過濾器會幫助我們在大量的數據中迅速找到我們需要的信息。
過濾器有兩種，
一種是顯示過濾器，就是主界面上那個，用來在捕獲的記錄中找到所需要的記錄
一種是捕獲過濾器，用來過濾捕獲的封包，以免捕獲太多的記錄。 在Capture -> Capture Filters 中設置
保存過濾
在Filter欄上，填好Filter的表達式後，點擊Save按鈕， 取個名字。比如"Filter 102",
Filter欄上就多了個"Filter 102" 的按鈕。
過濾表達式的規則
表達式規則
1. 協議過濾
比如TCP，只顯示TCP協議。
2. IP 過濾
比如 ip.src ==192.168.1.102 顯示源地址為192.168.1.102，
ip.dst==192.168.1.102, 目標地址為192.168.1.102
3. 埠過濾
tcp.port ==80, 埠為80的
tcp.srcport == 80, 只顯示TCP協議的願埠為80的。
4. Http模式過濾
http.request.method=="GET", 只顯示HTTP GET方法的。
5. 邏輯運算符為 AND/ OR
常用的過濾表達式
封包列表(Packet List Pane)
封包列表的面板中顯示，編號，時間戳，源地址，目標地址，協議，長度，以及封包信息。 你可以看到不同的協議用了不同的顏色顯示。
你也可以修改這些顯示顏色的規則， View ->Coloring Rules.
封包詳細信息 (Packet Details Pane)
這個面板是我們最重要的，用來查看協議中的每一個欄位。
各行信息分別為
Frame: 物理層的數據幀概況
Ethernet II: 數據鏈路層乙太網幀頭部信息
Internet Protocol Version 4: 互聯網層IP包頭部信息
Transmission Control Protocol: 傳輸層T的數據段頭部信息，此處是TCP
Hypertext Transfer Protocol: 應用層的信息，此處是HTTP協議
TCP包的具體內容
從下圖可以看到wireshark捕獲到的TCP包中的每個欄位。
看到這， 基本上對wireshak有了初步了解， 現在我們看一個TCP三次握手的實例
三次握手過程為
這圖我都看過很多遍了， 這次我們用wireshark實際分析下三次握手的過程。
打開wireshark, 打開瀏覽器輸入 h t t p : / / w w w . c r 1 7 3 .c o m
在wireshark中輸入http過濾， 然後選中GET /tankxiao HTTP/1.1的那條記錄，右鍵然後點擊"Follow TCP Stream",
這樣做的目的是為了得到與瀏覽器打開網站相關的數據包，將得到如下圖
圖中可以看到wireshark截獲到了三次握手的三個數據包。第四個包才是HTTP的， 這說明HTTP的確是使用TCP建立連接的。
第一次握手數據包
客戶端發送一個TCP，標志位為SYN，序列號為0， 代表客戶端請求建立連接。 如下圖
第二次握手的數據包
伺服器發回確認包, 標志位為 SYN,ACK. 將確認序號(Acknowledgement Number)設置為客戶的I S N加1以.即0+1=1, 如下圖
步驟閱讀
第三次握手的數據包
客戶端再次發送確認包(ACK) SYN標志位為0,ACK標志位為1.並且把伺服器發來ACK的序號欄位+1,放在確定欄位中發送給對方.並且在數據段放寫ISN的+1, 如下圖:
就這樣通過了TCP三次握手，建立了連接
❹ 過濾除菌法在什麼情況下使用
過濾除菌法在食品工業中的應用
酒類生產中的應用
1.純生啤酒的過濾除菌
純生啤酒的生產不經過高溫殺菌，採用無菌過濾法濾除酵母菌、雜菌,使啤酒避免受到熱損傷,保持了原有的新鮮口味,最後一道工序採用嚴格的無菌灌裝,避免了二次污染,保質期一般可達180天。純生啤酒與一般的生啤酒有區別, 一般的生啤酒雖然也沒有經過高溫殺菌, 但它採用的是硅藻土過濾機,只能濾掉酵母菌,而雜菌不能被濾掉,因此一般的生啤酒保質期一般在3-7天。無菌過濾法是常用的冷殺菌法，經硅藻土過濾機和精濾機過濾後的啤酒,再進入無菌過濾組合系統過濾,包括復式深層無菌過濾系統和膜式無菌過濾系統。經過無菌過濾後,要求能基本除去酵母和其他所有微生物營養細胞。
2.黃酒的過濾除菌
由於黃酒是一種非蒸餾酒，未經處理的原酒中含有大量的渾濁物、膠體物、細菌及其它微生物。為提高黃酒的品質,延長存放時間,必須對黃酒進行過濾滅菌後方可投入市場銷售。採用過濾除菌法替代傳統的蒸汽滅菌法,由於在較低溫度下即可出去大腸桿菌及其它雜菌、懸浮雜質,對降低原材料消耗和生產成本,提高黃酒的品質有著重要的作用。
3.白酒、葡萄酒等其它果酒的過濾除菌
用無機膜對白酒、葡萄酒等其它果酒進行過濾除菌,經過濾後不僅可以有效去除微生物,而且可以明顯提高產品的澄清度,保持產品的色、香、味,提高產品的保存期。
調味品生產中的應用
1. 醬油的過濾除菌
由於醬油的生產過程多數暴露在自然空間,在原料發酵分解過程中,伴隨著多種微生物的生長繁殖,如細菌類、放線菌類、酵母菌類等微生物。這些菌類的存在,不但影響著酶的正常分解作用, 而且產生一些異樣氣味及現象,致使醬油發生變味、甚至變質。在醬油生產出來後,及時地將這些雜菌殺死或除去,以保證醬油質量不變,顯得至關重要。通過醬油的生產實踐可知,在過濾除菌法中使用不大於0.5μm的過濾膜便可把醬油中的雜菌完全除去。
2. 醋的過濾除菌
液態由稀醇生產醋的發酵過程中，由於黑色桿菌的存在導致液體產品的渾濁,通常採用無機膜及氧化鋯連續的錯流過濾可以去除濃縮物中的黑色桿菌,使液體產品得到澄清,並可以除去細菌。
牛奶的過濾除菌
陶瓷膜在脫脂牛奶的除菌和牛奶的濃縮方面有很好的應用前景。[2]
果汁飲料的過濾除菌
20世紀80年代初,無機膜過濾除菌技術就在法國果汁行業得到廣泛應用,主要是除去很容易引起果汁變質的細菌、果膠及粗蛋白質,而且過濾果汁品質優良,比巴氏殺菌生產的果汁更具有芳香味。
水處理領域中的應用
超濾技術在水處理領域主要應用在飲用水深度處理、地表水處理、海水淡化、中水回用等方面。飲用水的質量直接影響著人們的健康, 超濾技術能有效去除水中的懸浮物、細菌、病毒、重金屬、氟化物、氯化物、消毒副產物和農葯殘留物等都可能對健康構成威脅的物質,具有佔地面積小、處理效率高等特點。[3]
空氣的過濾除菌
使用過濾法去除空氣中的微生物是一種比較簡易的空氣消毒方法。雖然經過濾空氣尚不易達列完全滅菌,但由過濾處理中一般不使用熱力和消毒劑,因此為人們所樂於接受。門前該法已普遍用於建築物均通風、個人防護和生物製品工業中。
❺ 如何使用wireshark抓包分析udp
開始界面
wireshark是捕獲機器上的某一塊網卡的網路包，當你的機器上有多塊網卡的時候，你需要選擇一個網卡。
點擊Caputre->Interfaces.. 出現下面對話框，選擇正確的網卡。然後點擊"Start"按鈕, 開始抓包
Wireshark 窗口介紹
WireShark 主要分為這幾個界面
1. Display Filter(顯示過濾器)， 用於過濾
2. Packet List Pane(封包列表)， 顯示捕獲到的封包， 有源地址和目標地址，埠號。 顏色不同，代表
3. Packet Details Pane(封包詳細信息), 顯示封包中的欄位
4. Dissector Pane(16進制數據)
5. Miscellanous(地址欄，雜項)
Wireshark 顯示過濾
使用過濾是非常重要的， 初學者使用wireshark時，將會得到大量的冗餘信息，在幾千甚至幾萬條記錄中，以至於很難找到自己需要的部分。搞得暈頭轉向。
過濾器會幫助我們在大量的數據中迅速找到我們需要的信息。
過濾器有兩種，
一種是顯示過濾器，就是主界面上那個，用來在捕獲的記錄中找到所需要的記錄
一種是捕獲過濾器，用來過濾捕獲的封包，以免捕獲太多的記錄。 在Capture -> Capture Filters 中設置
保存過濾
在Filter欄上，填好Filter的表達式後，點擊Save按鈕， 取個名字。比如"Filter 102",
Filter欄上就多了個"Filter 102" 的按鈕。
過濾表達式的規則
表達式規則
1. 協議過濾
比如TCP，只顯示TCP協議。
2. IP 過濾
比如 ip.src ==192.168.1.102 顯示源地址為192.168.1.102，
ip.dst==192.168.1.102, 目標地址為192.168.1.102
3. 埠過濾
tcp.port ==80, 埠為80的
tcp.srcport == 80, 只顯示TCP協議的願埠為80的。
4. Http模式過濾
http.request.method=="GET", 只顯示HTTP GET方法的。
5. 邏輯運算符為 AND/ OR
常用的過濾表達式
過濾表達式 用途
http 只查看HTTP協議的記錄
ip.src ==192.168.1.102 or ip.dst==192.168.1.102 源地址或者目標地址是192.168.1.102
封包列表(Packet List Pane)
封包列表的面板中顯示，編號，時間戳，源地址，目標地址，協議，長度，以及封包信息。 你可以看到不同的協議用了不同的顏色顯示。
你也可以修改這些顯示顏色的規則， View ->Coloring Rules.
封包詳細信息 (Packet Details Pane)
這個面板是我們最重要的，用來查看協議中的每一個欄位。
各行信息分別為
Frame: 物理層的數據幀概況
Ethernet II: 數據鏈路層乙太網幀頭部信息
Internet Protocol Version 4: 互聯網層IP包頭部信息
Transmission Control Protocol: 傳輸層T的數據段頭部信息，此處是TCP
Hypertext Transfer Protocol: 應用層的信息，此處是HTTP協議
wireshark與對應的OSI七層模型
TCP包的具體內容
從下圖可以看到wireshark捕獲到的TCP包中的每個欄位。
實例分析TCP三次握手過程
看到這， 基本上對wireshak有了初步了解， 現在我們看一個TCP三次握手的實例
三次握手過程為
這圖我都看過很多遍了， 這次我們用wireshark實際分析下三次握手的過程。
打開wireshark, 打開瀏覽器輸入 http://www.cnblogs.com/tankxiao
在wireshark中輸入http過濾， 然後選中GET /tankxiao HTTP/1.1的那條記錄，右鍵然後點擊"Follow TCP Stream",
這樣做的目的是為了得到與瀏覽器打開網站相關的數據包，將得到如下圖
圖中可以看到wireshark截獲到了三次握手的三個數據包。第四個包才是HTTP的， 這說明HTTP的確是使用TCP建立連接的。
第一次握手數據包
客戶端發送一個TCP，標志位為SYN，序列號為0， 代表客戶端請求建立連接。 如下圖
第二次握手的數據包
伺服器發回確認包, 標志位為 SYN,ACK. 將確認序號(Acknowledgement Number)設置為客戶的I S N加1以.即0+1=1, 如下圖
第三次握手的數據包
客戶端再次發送確認包(ACK) SYN標志位為0,ACK標志位為1.並且把伺服器發來ACK的序號欄位+1,放在確定欄位中發送給對方.並且在數據段放寫ISN的+1, 如下圖:
就這樣通過了TCP三次握手，建立了連接
❻ blast+命令求助
Blast的運行方式是先用目標序列建資料庫（這種資料庫稱為database，裡面的每一條序列稱為subject），然後用待查序列（query）在database中搜索，每一條query與database中的每一條subject都要進行雙序列比對，從而得出全部比對結果。
Blast是一個繼承的程序包，通過調用不同的比對模塊，blast實現了物種可能的序列比對方式：
blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。
blastx：核酸序列對蛋白庫的比對，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據相位可以翻譯成6種可能的蛋白序列），然後再與蛋白庫作比對。
blastn：核酸序列對核算庫的比對。
tblastn：蛋白序列對核算庫的比對，將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，然後進行比對。
tblastx：核酸序列對核算庫在蛋白級別的比對，將庫和待查序列都翻譯成蛋白序列，然後對蛋白序列進行比對。
Blast提供了核酸和蛋白序列之間所有可能的比對方式，同時具有較快的比對速度和較高的比對精度，因此在常規雙序列比對分析中應用最為廣泛，可以毫不誇張的說，blast是做比對基因組學乃至整個生物信息學研究所必須掌握的一種比對工具。
使用：
blast的運行分為兩個步驟：第一，建立目標序列的資料庫；第二，做blast比對。
1、運行建庫程序formatdb:
建庫的工程是建立目標序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允許的輸入格式是FASTA或者ASN.1格式，通常我們使用的FASTA格式的序列作為輸入。用於建庫的FAST序列是db.seq, formatdb的基本命令是：
formatdb –i db.seq [-options]
常用參數：
-p (T/F): -p參數的意義是選擇建庫的類型，「T」表示蛋白庫，「F」表示核算庫，預設值為「T」
-o(T/F): -o參數的意義是判斷是否分析序列名並建立序列名索引。「T」表示建立序列名索引，「F」表示不建立序列索引。預設值為「F」。
程序輸出：
如果建立的是核算庫，輸出為db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq，三個文件，如果選擇了「-o T」，還會同時輸出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四個文件，一共七個。
蛋白庫和核算庫的輸出類似，相應的輸出文件為：db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd七個文件。
除了這個結果，程序還會輸出LOG文件（默認為formatdb.log），裡面記錄了運行時間、版本號、序列數量等信息。
幾點需要注意的問題：
1）、建庫以後，做blast比對的輸入文件就是建庫所得的文件db.seq.n**或者db.seq.p**，而不是原始的FASTA序列，也就是說，建庫以後，原始序列文件是可以刪除的。
2）、如果命令行中選擇了「-o T」，並且目標序列中好友gi號重復的序列名時，程序會停止建庫並報錯。
就是說庫文件中不能出現重復的序列（標志是序列號，跟具體的序列沒有關系）。
3）、如果輸入序列不符合FASTA格式或者ASN.1格式，程序會自動退出，並報錯。
[formatdb] ERROR: Could not open db.
4）、核酸序列可以用於建核算庫和蛋白庫，但是蛋白序列不能用於建核算庫，這個是顯然的，密碼子的問題哦！
其他參數介紹：
-l : 「-l 文件名」用來改變LOG文件的命名
-n : 「-n 文件名」可以自定義生成的庫文件命名
-a : 輸入文件為ASN.1格式
2、運行比對程序blastall:
Blast的主程序是blastall。程序的輸入文件是query序列（- i參數）而和庫文件（-d 參數），比對類型的選擇（- p參數）和輸出文件（- o 參數）由用戶指定。其中「-p」參數有5中取值：
-p blastp：蛋白序列與蛋白庫做比對。
-p blastx：核酸序列對蛋白庫的比對。
-p blastn：核酸序列對核酸庫的比對。
-p tblastn：蛋白序列對核酸庫的比對。
-p tblastx：核酸序列對核酸庫在蛋白級別的比對。
這些元素就構成了 blast 的基本運行命令（以 blastn 為例）：
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn
其中如果"-o"參數預設，則結果輸出方式為屏幕輸出。
參數：
僅僅運行blast的基本運行命令，得到的結果往往不能清晰准確的表示出有用的信息。最大的問題就是有太多的冗餘，很多很短的比對都會出現在輸出結果中，導致結果雜亂無章。為了處理雜亂無章的比對結果，滿足各種比對需求，blast設置了很多參數來限制比對的范圍和輸出的形式。一下多數結果以blastn距離，如不做特殊說明，這些參數適合於所有比對方式。
-e 參數
-e（value）參數是用來過濾比對較差的結果的，用「-e」參數指定一個實數，blast會過濾掉期望值大於這個數的比對結果（就是說這個值越小比對結果就越好）。
blastall -i query.fa -d database -o blast.out -p blastn -e 1e-10
通常情況下，對於不同物種之間的比對，期望值設在1e-5左右即可；而對於同源性較高的物種或者同種的比對，可以適度將期望值調的更小來過濾垃圾結果。比對同一物種cDNA和染色體的比對，參數可用1e-10或更高。
-F 參數
-F（T/F）參數是用來屏蔽簡單重復和低復雜度序列的。如果選「T」，程序在比對過程中會屏蔽掉query中的簡單重復和低復雜度序列；選「F」則不會屏蔽。預設值為「T」。
比較兩個結果，我們看出使用預設參數的比對結果損失了一部分信息，得到的統計結果也
出現失真，期望值和 identity 都沒有反映出真實情況。有時較長的重復序列甚至會導致比對終止。加了"-F F"就保證了比對結果的完整性。通常在大規模、低精度的比對中，往往用預設參數，這樣能避免程序把過多的時間浪費在無意義的簡單重復上，提高運行速度；而在小規模、高精度的比對中，需要加上參數"-F F"，保證比對的精確度和完整性。
-m 參數：
「-e」參數能夠做到篩選適當的比對結果，但是即使如此，blast的輸出結果仍然非常龐大並且難以處理。為了精簡輸出、節省存儲空間、實現更多功能並使結果易於處理，blast 提供了參數「-m (integer)」來設定輸出格式，可供選擇的值為 0～11 之間的整數，預設為 0。下面就通過實例逐個解析「-m」參數能夠實現的輸出功能。
-m 8 : 列表格式的比對結果。從做導游割裂的意義一次是：query名/subject名/identify/比對長度/錯配數/空位數/query比對起始坐標/query比對終止坐標/subject比對起始坐標/subject比對終止坐標/期望值/比對得分
在 m8 格式中通過 subject 的比對起止位置可以判斷出序列的比對方向。判斷方法就是：query和subject的起始和終止坐標是否一致增減。
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