『壹』 1.0%瓊脂糖凝膠如何制備
秤一克瓊脂糖,加100毫升蒸餾水。
但是,一般跑電泳的時候,需要加TAE緩沖液,50×TAE加2毫升,再加98毫升蒸餾水。
配瓊脂糖,差一兩毫升沒什麼影響的,我們實驗室用的是百分之二的。
『貳』 如何制備核酸瓊脂糖凝膠,操作中應注意什麼
瓊脂糖凝膠電泳是常用的分離和檢測方法,瓊脂是最常用的載體支持物,核酸分子具有電荷效應和分子篩效應,利用此特性可達到分離檢測的目的。
一、瓊脂糖凝膠的特點
天然瓊脂(agar)是一種多聚糖,主要由瓊脂糖(agarose,約佔80%)及瓊脂膠(agaropectin)組成。瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質,不帶電荷,而瓊脂膠是一種含硫酸根和羧基的強酸性多糖,由於這些基團帶有電荷,在電場作用下能產生較強的電滲現象,加之硫酸根可與某些蛋白質作用而影響電泳速度及分離效果。因此,目前多用瓊脂糖為電泳支持物進行平板電泳,其優點如下。
1. 瓊脂糖凝膠電泳操作簡單,電泳速度快,樣品不需事先處理就可以進行電泳。
2. 瓊脂糖凝膠結構均勻,含水量大(約佔98%~99%),近似自由電泳,樣品擴散較自由電流,對樣品吸附極微,因此電泳圖譜清晰,解析度高,重復性好。
3. 瓊脂糖透明無紫外吸收,電泳過程和結果可直接用紫外光燈檢測及定量測定。
4. 電泳後區帶易染色,樣品極易洗脫,便於定量測定。製成干膜可長期保存。
目前,常用瓊脂糖作為電泳支持物,分離蛋白質和同工酶。將瓊脂糖電泳與免疫化學相結合,發展成免疫電泳技術,能鑒別其他方法不能鑒別的復雜體系,由於建立了超微量技術,0.1ug蛋白質就可檢出。
瓊脂糖凝膠電泳也常用於分離、鑒定核酸,如DNA鑒定,DNA限制性內切核酸酶圖譜製作等。由於這種方法操作方便,設備簡單,需樣品量少,分辨能力高,已成為基因工程研究中常用實驗方法之一。
二、DNA的瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳對核酸的分離作用主要是依據它們的相對分子量質量及分子構型,同時與凝膠的濃度也有密切關系。
1、核酸分子大小與瓊脂糖濃度的關系
① DNA分子的大小 在凝膠中,DNA片段遷移距離(遷移率)與鹼基對的對數成反比,因此通過已知大小的標准物移動的距離與未知片段的移動距離時行比較,便可測出未知片段的大小。但是當DNA分子大小超過20kb時,普通瓊脂糖凝膠就很難將它們分開。此時電泳的遷移率不再依賴於分子大小,因此,就用瓊脂糖凝膠電泳分離DNA時,分子大小不宜超過此值。
② 瓊脂脂糖的濃度 如下表所示,不同大小的DNA需要用不同濃度的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。
表 瓊脂糖濃度與DNA分離范圍瓊脂糖濃度/%0.30.60.70.91.21.52.0線狀DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
2、核酸構型與瓊脂糖凝膠電泳分離的關系
不同構型DNA的移動速度次序為:供價閉環DNA(covalently closed circular,cccDNA)>直線DNA>開環的雙鏈環狀DNA。當瓊脂糖濃度太高時,環狀DNA(一般為球形)不能進入膠中,相對遷移率為0(Rm=0),而同等大小的直線雙鏈DNA(剛性棒狀)則可以長軸方向前進(Rm>0),由此可見,這三種構型的相對遷移率主要取決於凝膠濃度,但同時,也受到電流強度、緩沖液離子強度等的影響。
3、電泳方法
① 凝膠類型
用於分離核酸的瓊脂糖凝膠電泳可分為垂直型及水平型(平板型)。水平型電泳時,凝膠板完全浸泡在電極緩沖液下1-2mm,故又稱為潛水式。目前更多用的是後者,因為它制膠和加樣比較方便,電泳槽簡單,易於製作,又可以根據需要制備不同規格的凝膠板,節約凝膠,因而較受歡迎。
② 緩沖液系統
缺少離子時,電流太小,DNA遷移慢;相反,高離子強度的緩沖液由於電流太大會大量產熱,嚴重時,會造成膠熔化和DNA的變性。
常用的電泳緩沖液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA),Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等,濃度約為50mmol/L(pH7.5~7.8)。電泳緩沖液一般都配製成濃的貯備液,臨用時稀釋到所需倍數。
TAE緩沖能力較低,後兩者有足夠高的緩沖能力,因此更常用。TBE濃溶液長期貯存會出現沉澱,為避免此缺點,室溫下貯存5×溶液,用時稀釋10倍0.5×工作溶液即能提供足夠緩沖能力。
③ 凝膠的制備
以稀釋的電極緩沖液為溶劑,用沸水浴或微波爐配製一定濃度的溶膠,灌入水平膠框或垂直膠膜,插入梳子,自然冷卻。
④ 樣品配製與加樣
DNA樣品用適量Tris-EDTA緩沖液溶解,緩沖液內含有0.25%溴酚藍或其他指示染料,含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油,以增加其比重,使樣品集中。為避免蔗糖或甘油可能使電泳結果產生U形條帶,可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
⑤ 電泳
瓊脂糖凝膠分離大分子DNA實驗條件的研究結果表明,在低濃度、低電壓下,分離效果較好。在低電壓條件下,線性DNA分子的電泳遷移率與所用的電壓呈正比。但是,在電場強度增加時,較大的DNA片段遷移率的增加相對較小。因此隨著電壓的增高,電泳解析度反而下降,為了獲得電泳分離DNA片段的最大解析度,電場強度不宜高於5V/cm。
電泳系統的溫度對於DNA在瓊脂糖凝膠中的電泳行為沒有顯著的影響。通常在室溫下進行電泳,只有當凝膠濃度低於0.5%時,為增加凝膠硬度,可在4℃進行電泳。
⑥ 染色和拍照
常用熒光染料溴乙錠(EB)染色,在紫外光下觀察DNA條帶,用紫外分析儀拍照,或用凝膠成像系統輸出照片,並進行有關的數據分析。
注意事項:電泳中所使用的染料EB是致癌物質,一定要小心,避免其接觸皮膚等,進行電泳操作的時候一定要帶手套,手套要及時更換,現在也除了一些EB的替代物,如Goldview等。
『叄』 瓊脂糖凝膠的配製
倒平板一定要緩慢,當然是相對緩慢不能等它凝固了,這樣可以避免倒板中出現氣泡
另一個,你配凝膠溶液的時候攪拌一定要輕柔緩慢,不然你想不出氣泡都難
『肆』 配置瓊脂糖膠時,可以用蒸餾水和高濃度的TAE液嗎
1.用蒸餾水將制膠工具洗干凈 准備好制膠平板 用瓊脂將模具邊緣封閉 架好梳回子
2.根據要分離的答樣品(DNA)大小配製合適濃度的瓊脂凝膠 准確的稱取一定量的瓊脂糖乾粉 加入到合適體積的錐形瓶中 加入一定量的電泳緩沖液(30ml左右TAE) 放入到微波爐內加熱融化 冷卻片刻(不燙手即可)
3.融化後的瓊脂溶液搖晃混勻 倒入電泳槽中 等其凝固
4.室溫下凝固30-40min左右 小心的拔出梳子 取出凝固好的凝膠放入電泳槽內 准備上樣
5.在電泳槽中倒入電泳緩沖液(TAE)沒過膠面1mm左右 去除膠孔內的氣泡
6.上樣 5ulDNA樣品加入1ul上樣緩沖液(loading buffer)和1ul的染料 用搶混勻後加入到凝膠孔內
.上樣結束 接通電源 紅色正極 黑色負極 DNA樣品有負極往正極運動 加樣孔側為負 40-50v電壓 電壓30敏左右即可(< 40min)
8.電壓結束 關閉電源 凝膠成像儀上觀察電壓位置並比對marker判斷大小
『伍』 剃度稀釋都用蒸餾水還是用溶解溶劑
做膠的TAE當然用雙蒸水
如果是槽中使用的電泳緩沖液,單蒸水也可以
『陸』 為什麼不可以用蒸餾水配置瓊脂糖凝膠
因為配置的瓊脂膠主要要求是達到無菌。因此普通的蒸餾水就不合適了。要採用無菌水來進行配置。這樣可以防止配置好的瓊脂中不會產生雜菌。
『柒』 稀釋50*TAE溶液到1*TAE是用蒸餾水還是一般的水
做膠的TAE當然用雙蒸水
如果是槽中使用的電泳緩沖液,單蒸水也可以
『捌』 瓊脂糖凝膠怎麼配製
把瓊脂糖,即幾乎不含硫酸根的主要成分為多糖的瓊脂,溶於熱水,倒入玻璃杯中,冷卻製成的凝膠。融化後在37°C下可維持液態數小時,30°C時凝固成膠。即完成瓊脂糖凝膠的配置。
製成的小顆粒用於凝膠過濾,適於用sephadex不能分級分離的大分子的凝膠過濾,若使用5%以下濃度的凝膠,也能夠分級分離細胞顆粒、病毒等。利用其吸附性小的特點,有時用它代替瓊脂、以作為免疫電泳或凝膠內沉降反應的支持物。
(8)用蒸餾水制備瓊脂糖凝膠嗎擴展閱讀:
瓊脂糖分為一般瓊脂糖和經化學修飾後熔點降低的低熔點瓊脂糖,瓊脂糖的熔點在62〜65°C之間,多用於對染色體DNA在凝膠內進行原位酶切及DNA片段回收。瓊脂糖凝膠由於孔徑大常用於大分子蛋白質、DNA的分離。
瓊脂由瓊脂糖和瓊脂果膠兩部分組成:
作為膠凝劑的瓊脂糖是不含硫酸酯的非離子型多糖,是形成凝膠的組分,其大分子鏈鏈節著1,3苷鍵交替相連的β-D-半乳糖殘基和3,6-內醚-L-半乳糖殘基 。而瓊脂果膠是非凝膠部分,是帶有硫酸酯、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的復雜多糖,也是商業提取中力圖去掉的部分。
商品瓊脂一般帶有2%~7%的硫酸酯,0%~3%的丙酮酸醛及1%~3%的甲乙基。在工業上的瓊脂 色澤由白到微黃,具有膠質感,無氣味或有輕微的特徵性氣味,瓊脂不溶於冷水,易溶於沸水。
瓊脂系選用優質天然石花菜、江蘺菜、紫菜等海藻為原料,採用科學方法精煉提純的天然高分子多糖物質。
瓊脂為親水性膠體,分有條狀和粉末狀,不溶於冷水,易溶於熱水。瓊脂在工業上具有獨特的重要性,瓊脂的濃度即使低至1%仍能形成相當穩定的凝膠,是食品工業、化學工業、醫學科研所必需之原料。
『玖』 在進行瓊脂糖凝膠電泳前,用什麽溶液來溶解瓊脂糖 A蒸餾水 B自來水 C緩沖液 D甘糖溶液
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