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fastqc怎么数据过滤

发布时间:2021-02-05 04:43:28

⑴ fastqc如何在windows环境下fastq

方法/步骤进入NCBI主页,选择Nucleotide数据库
在Nucleotide数据库的检索框中输入甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的基因名(GAPDH)或者基因的GenBank号:X02662.1。点击搜索。在右边Top Organisms中选择物种来源,点More可以显示更多隐藏选项
选择所需要的物种信息
GenBank会根据设定的检索条件得出相应结果,选择所需要的序列

点击相应序列打开详序列的细信息,默认为GBFF(GenBank Flat File)格式文件。主要包括以下三部分组成:第一部分:描述符,其中包含了关于整个记录的信息;第二部分:特征表,包含了注释这一记录的特性;第三部分:核酸序列本身;在最后一行以“// ”结尾
在这里也可以选择FASTA格式。
FASTA格式又称Pearson 格式
特点:最常用、最简单的序列注释格式
命名规则:
1、以大于号“>"起始
2、 标题行(a single-line description) 位于文件的第一行
3、 序列行随后,序列行中不允许有空间,每行文字不超 过80个字符
4、组成序列信息字符串的符号应为IUB/IUPAC(International Union Of Pure And Applied Chemistry)核苷酸或氨基酸的符号
5、核苷酸字符大小写均可,氨基酸字符应大写
6、"-"单个连字符表示一个空位 “gap”
7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示,氨基酸用X表示
8、 氨基酸序列中“*”表示终止
导出序列时点击Send to
在弹出的窗口选择文件单选按钮

在下拉框中选择你需要的文件格式
点击创建文件即可开始下载,下载后的文件可以通过任意文本编辑软件打开。由于NCBI上的文件采用的是Unix/Linux文本格式,而Unix系统里,每行结尾只有“<换行>”,即“\n”;但Windows系统里面,每行结尾是“<换行><回车>”,即“\n\r”,在用记事本等软件打开时每行结尾有一个黑方框,这里只需用兼容Unix/Linux文本格式的编辑器打开即可

⑵ 在linux中为什么在导入样本数据后fastqc

linux下导入、导出mysql数据库命令
一、导出数据库用mysqlmp命令(注意mysql的安装路径,即此命令的路径):
1、导出数据和表结构:
mysqlmp -u用户名 -p密码 数据库名 > 数据库名.sql
#/usr/local/mysql/bin/ mysqlmp -uroot -p abc > abc.sql
敲回车后会提示输入密码
2、只导出表结构
mysqlmp -u用户名 -p密码 -d 数据库名 > 数据库名.sql
#/usr/local/mysql/bin/ mysqlmp -uroot -p -d abc > abc.sql
注:/usr/local/mysql/bin/ ---> mysql的data目录

二、导入数据库
1、首先建空数据库
mysql>create database abc;
2、导入数据库
方法一:
(1)选择数据库
mysql>use abc;
(2)设置数据库编码
mysql>set names utf8;
(3)导入数据(注意sql文件的路径)
mysql>source /home/abc/abc.sql;
方法二:
mysql -u用户名 -p密码 数据库名 < 数据库名.sql
#mysql -uabc_f -p abc < abc.sql

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