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fastqc怎麼數據過濾

發布時間:2021-02-05 04:43:28

⑴ fastqc如何在windows環境下fastq

方法/步驟進入NCBI主頁,選擇Nucleotide資料庫
在Nucleotide資料庫的檢索框中輸入甘油醛-3-磷酸脫氫酶基因的基因名(GAPDH)或者基因的GenBank號:X02662.1。點擊搜索。在右邊Top Organisms中選擇物種來源,點More可以顯示更多隱藏選項
選擇所需要的物種信息
GenBank會根據設定的檢索條件得出相應結果,選擇所需要的序列

點擊相應序列打開詳序列的細信息,默認為GBFF(GenBank Flat File)格式文件。主要包括以下三部分組成:第一部分:描述符,其中包含了關於整個記錄的信息;第二部分:特徵表,包含了注釋這一記錄的特性;第三部分:核酸序列本身;在最後一行以「// 」結尾
在這里也可以選擇FASTA格式。
FASTA格式又稱Pearson 格式
特點:最常用、最簡單的序列注釋格式
命名規則:
1、以大於號「>"起始
2、 標題行(a single-line description) 位於文件的第一行
3、 序列行隨後,序列行中不允許有空間,每行文字不超 過80個字元
4、組成序列信息字元串的符號應為IUB/IUPAC(International Union Of Pure And Applied Chemistry)核苷酸或氨基酸的符號
5、核苷酸字元大小寫均可,氨基酸字元應大寫
6、"-"單個連字元表示一個空位 「gap」
7、序列中不允許有數字、不明確的核苷酸用N表示,氨基酸用X表示
8、 氨基酸序列中「*」表示終止
導出序列時點擊Send to
在彈出的窗口選擇文件單選按鈕

在下拉框中選擇你需要的文件格式
點擊創建文件即可開始下載,下載後的文件可以通過任意文本編輯軟體打開。由於NCBI上的文件採用的是Unix/Linux文本格式,而Unix系統里,每行結尾只有「<換行>」,即「\n」;但Windows系統裡面,每行結尾是「<換行><回車>」,即「\n\r」,在用記事本等軟體打開時每行結尾有一個黑方框,這里只需用兼容Unix/Linux文本格式的編輯器打開即可

⑵ 在linux中為什麼在導入樣本數據後fastqc

linux下導入、導出mysql資料庫命令
一、導出資料庫用mysqlmp命令(注意mysql的安裝路徑,即此命令的路徑):
1、導出數據和表結構:
mysqlmp -u用戶名 -p密碼 資料庫名 > 資料庫名.sql
#/usr/local/mysql/bin/ mysqlmp -uroot -p abc > abc.sql
敲回車後會提示輸入密碼
2、只導出表結構
mysqlmp -u用戶名 -p密碼 -d 資料庫名 > 資料庫名.sql
#/usr/local/mysql/bin/ mysqlmp -uroot -p -d abc > abc.sql
註:/usr/local/mysql/bin/ ---> mysql的data目錄

二、導入資料庫
1、首先建空資料庫
mysql>create database abc;
2、導入資料庫
方法一:
(1)選擇資料庫
mysql>use abc;
(2)設置資料庫編碼
mysql>set names utf8;
(3)導入數據(注意sql文件的路徑)
mysql>source /home/abc/abc.sql;
方法二:
mysql -u用戶名 -p密碼 資料庫名 < 資料庫名.sql
#mysql -uabc_f -p abc < abc.sql

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